开篇小剧场（之后的每一集都会有，用于补完新世界的设定和搞笑日常）
巧和蓝格雷搬到了新家，房子很不错，真嗣他们去到了巧的新家开一个搬家party。当玩的尽兴时，真嗣问巧。
真嗣：你把我们的事写成了，但我怎么感觉我在里行为很迷惑啊，什么是真正的自己啊？
巧：这个我也不大清楚，因为你我是同一个人嘛，不是有句话吗“这世上没有两片相同的叶子”。我是旧世界的碇真嗣，你是新世界的碇真嗣，一个世界同时存在两个一样的人，难免会产生些冲突。顺便告诉你，其实初号机的第一次暴走不是因为你，而是我在操纵初号机。
真嗣：好哇你，合着那次暴走我操作了个寂寞。
众人欢笑一片。
正篇开始
空无一人的街道，初号机躺在一旁的大厦旁，当众人以为没有希望能够战胜使徒是，初号机的左眼亮起，初号机再次启动。这时的初号机本应是静止状态，但是突然自己启动，各种信号全都不接收，所有将此情况定为“暴走”
再次启动的初号机张开了血红的嘴，哈了一口气，向着天空发出了一阵咆哮。初号机一个弹射起步跳到了使徒身上与使徒纠缠了一会，随后踹开使徒落到地上，一个转身便奔向使徒。从这一刻开始，战斗的胜负已是板上钉钉的事了。初号机攻向使徒，但是被at立场挡住，当众人以为无法打破at立场时，初号机也开启了立场，并且在侵蚀这对方的立场。初号机想要掰开使徒是立场，但一只手的力掰不开，初号机立刻复原了刚刚被掰断的手，两只手一起撕扯着立场，立场也很快被撕开了。使徒发射死光，即使被击中，初号机也毫发无损，初号机抓住了使徒的两只手狠狠的将手掰断，还把使徒踢飞
使徒还没反应过来时，初号机又将使徒扑倒，用拳头锤向使徒和核心，然后掰断了核心两边的次，用刺狠狠的敲击使徒核心，没几下核心就被敲出了许多且巨大的裂痕。见状不妙，使徒利用自己的身体包住初号机并将自己自爆，企图极限一换一，但是没用。一道巨大的十字架闪烁着，直插云霄，天空中还有一道彩虹亮着。使徒将自己自爆，化成血雨，朦胧血雨中，初号机的身影矗立在这血雨之下，呈现出一种恐怖。
赤木：你就是EVA的...
美里：真正的样子吗。
战斗结束，真嗣昏迷了，救出真嗣后就送到了医院，在医院里，真嗣做了一个奇怪的梦。梦见一对看不清脸的夫妇谈论着将来孩子的名字。父亲说“如果是男孩就叫真嗣，如果是女孩就叫丽”母亲听后不断重复着“真嗣”和“丽”，然后说了一句“是绫波丽”。真嗣惊醒，冒着冷汗的真嗣坐起，看了看周围发现是医院后躺又了回去，说道“陌生的天花板”
此时的碇源堂与seele的成员讨论着这次初号机与第四使徒的战斗，说这些都跟计划的一样，但初号机庞大的修理费却在意料之外，但与冻结着的零号机相比并不是什么问题。这时美里那边已经完成了回收初号机的任务，而初号机爆走的数据却消失了，容量为0，没有任何数据。
美里：结果原因不明啊，但做为武器可靠性还是太苛刻了吧。
虽然初号机的修理费用巨大，但是可以确保在第五使徒来袭时初号机能够使用。现在初号机已经投入实战，二号机及其驾驶员都在德国接受训练，三号机也在按照计划建造着。seele将统率NERV和EVA的责任交给了碇源堂，seele不想让碇源堂给他们带来失望。而歼灭使徒也只不过是与莉莉丝的契约中的一小部分。《人类补完计划》才是seele的真正目的，为了能够造福人类，所有的一切都要按照seele的剧本进行。
此时的碇真嗣站在医院的走廊边，他靠着窗户看着外面的风景。远处两个医生推着担架走来，而担架上的人正是绫波丽，与真嗣擦肩而过的那个瞬间跟真嗣对视了一下，随后就被带走了。
美里几人再次来到昨晚的事发地点，此时的这里早已变成如同地狱般的血海。赤木研究过后，发现使徒失去了at立场时使徒就会崩解。伊吹看着这一片血海，感觉像是第二次冲击，给人一种不安的感觉。EVA能够战胜使徒，这意味着人类还有一丝希望，而这一丝希望交给了EVA的驾驶员。此时美里收到消息，医院那边说真嗣他已经清醒了，美里也没有怠慢，立刻起身前往真嗣所在的医院。
真嗣坐在某一层的大厅，看着昨晚驾驶EVA时本应被扭断的左手，美里从远处走来，然后带走了真嗣。当电梯来的时候，里面的人却是自己最恨的父亲，父子两人四目相对，谁也不让谁的表情。等了一会电梯走了。